香港特別行政區的專利是獨立的。香港特別行政區的標準專利所根據的相關指定專利,縱使有任何在批予之後的行動,香港特別行政區的專利亦不會受到影響。
不過,亦有例外情況。由於在歐洲專利局批予的專利附帶一項條件,就是專利的批予必須在指定的時限內沒有人提出反對才可作實,故以歐洲(聯合王國)的專利為基礎而獲批予的香港特別行政區標準專利,也受這項條件限制。這即是說,若在歐洲批予的專利因在歐洲專利局受到反對而被撤銷,則根據該被撤銷的專利所批予的香港特別行政區標準專利,經有關方面向香港專利註冊處處長或法院申請後,亦會被撤銷。
一般來說,對香港特別行政區的標準專利進行的註冊後修訂,同樣須向法院申請才可作出。至於因在歐洲專利局受到反對而引致的修訂,則可藉在指定的短期時限內向香港特別行政區的專利註冊處處長提出申請對相關的標準專利作出該等修訂。